訓練隊員やAK（エイクリッド）などを相手に戦闘し、ミッションの目的を達成するアクションパートです。ミッションをクリアするとベースパートに戻ります。

ミッションには「敵の全滅」や「フラッグ防衛」など、ルールが設定されています。

【ミッション目的】
　ミッションの目的を達成すると、ミッションクリアとなります。

　現在の目的は、進行状況に応じて更新されます。

【ミッション撤退条件】
　強制帰還の残り回数が0の時に、ライフが無くなるとミッション失敗となります。
　それ以外にも様々な撤退条件があります。

※詳しくは「ミッション」の各ページを参照してください。

ベース内を移動して、仲間と会話したり、武器の開発・改造で装備を整えられます。

頭上に「！」のキーマーカーがついたキャラクターに話しかけると、ストーリーが進行し、

ミッションが発生します。ミッションに出撃すると、ミッションパートに移行します。

※詳しくは「ベース」の各ページを参照してください。